在香港回归前，郑耀棠在关键时刻向全国人大会议提出，终止港英政府的「三违反」政改方案的提案，获得30多位人大代表联署，并在全国人大会议通过。该议案的决定对回归过程相当重要。郑耀棠有幸参与国家重大决策，确保香港平稳过渡。

　　此外，在「一国」的优势下，香港如何发挥「两制」的独特位置，与内地发挥互利互惠的合作模式特別重要。郑耀棠与一些专业人士于1998年9月组织一个两地融合的发展研究基金，积极研究探讨两地合作和强化中国人身份认同为核心，基金过去向两地政府提出开发「河套区」为中医业统筹及创新研发中心；便利港人通关过境的人潮措施，边境发展和深港交通网络合作等，促使当局积极回应，成功争取2003年1月皇岗口岸实施24小时通关；以及两地政府于2017年1月签订河套区发展合作备忘录。